Pesantren Modern Khalifah dibangun sejak 2012, diatas idealisme kesholehan para pendiri. Bermula dari pengajian kecil pekanan, tiga orang berembuk untuk mendirikan sebuah lembaga pendidikan Islam. H. Hamid Ibrahim, H.  Haeng Mirawijaya dan ustadz Yudi, tiga orang ini sepakat mendirikan sebuah lembaga pendidikan yang yang berkarakter Islami dalam rangka membangun sebuah peradaban Islam dan kemajuan Indonesia.

Pesantren Modern Khalifah, sebagaimana namanya diambil dari al Qur’an surat Al-baqarah. Sesuai artinya khalifah adalah pemimpin, maka setiap santri yang masuk ke lembaga ini diharapkan memiliki sifat kepemimpinan islami dan digali bakat yang berhubungan sikap kepemimpinan tersebut.

Menyempurnakan akhlak dan mendidikan ilmu adalah motto Pesantren Modern Khalifah. Berharap dengan motto ini seluruh insan Khalifah, lebih mengedepankan hati dibanding akal dalam seluruh tindakkannya. Akhlak yang berasal dari hati yang bersih dalam sikap dan perbuatannya.

Ahlussunnah wal jama’ah sebagai benteng aqidah yang dimiliki oleh insan khalifah yang tidak bisa ditawar – tawar. Sedangkan madzhab fiqh Imam Syafii yang menjadi pengamalan ibadah hariannya, serta tawassuth (moderat) dalam pemikiran menyikapi perbedaan furu’iyyah dan hal hal yang menjadi tantangan zaman.

Dibina dan dididik oleh dewan guru yang profesional, berasal dari kampus dalam dan luar negeri, serta rata-rata masih memiliki usia yang tergolong belia. Pesantren Modern Khalifah di tengah umat, untuk menyiapkan generasi pemimpin umat dan bangsa di masa depan.